M22, а зачем вешать плаги на мастер? Ну, то есть навесить можно то, что имеет отношение к мастерингу - всякие улучшайзеры и т. д. Если клиент лейбл какой-нибудь, то, как минимум мастеринг делает, и на мастере быть ничего не должно. Если клиент просит дорожки, то, вероятно, делает пересведение. На мой взгляд, в этом случае таких вещей как компрессоры, лимитеры, эквалайзеры, максимайзеры (что еще забыл? (image) ) и на дорожках быть не должно. А вообще-то такие вопросы с клиентом оговаривать нужно обязательно.
Возвращаясь к самому вопросу, если на мастере и есть какие плаги, то, после рендеринга по дорожкам, ничего страшного не будет. Все вместе они будут звучать так, как звучали бы в одном треке. Если с ними больше ничего не делать, конечно.